中心办公室在1998年7月1日性艾中心成立时即设立，成立之初为一综合性办公室。此后，中心规划财务室、人事党群办公室、实验室及后勤管理办公室陆续从中心办公室分别独立。
　　中心办公室编制5人（办公室主任、副主任各1人，科教专办员1人，外事专办员1人，档案管理员1人）.现有编制内人员4人（其中正高1人、副高1人），外聘4人。
　　中心办公室工作职责共计15项。
　　1、协助落实上级部门指示，为领导决策提供信息和建议；
　　2、负责中心计划管理，协调、督导各科室防治工作计划落实情况；
　　3、负责科研、研究生及继续教育管理；
　　4、负责外事管理；
　　5、负责中心伦理委员会日常工作；
　　6、负责全国艾滋病区域培训基地管理办公室工作；
　　7、协调中心会议组织计划、收集相关信息；
　　8、负责中心各类规章制度、管理办法的制订、贯彻实施及检查；
　　9、负责中心主任办公会议题准备、决议起草以及实施、督办和检查；
　　10、组织安排中心行政会议，督办检查执行情况；
　　11、负责各类公文处理、负责组织中心工作计划、总结、领导讲话的撰写安排等工作；
　　12、负责中心学术委员会及学位委员会的管理；
　　13、负责文秘及档案管理；
　　14、负责新闻采访安排；
　　15、负责中心应急事件管理。

　　科室对外联系信箱为：0ffice606@chinaaids.cn
　　科室电话：58900922    传真：58900920