由于丙肝传播途径与艾滋病相似、艾滋病传播中性传播已经成为主要传播途径，为整合资源，进一步发挥人员、经费及技术优势，2009年10月，原卫生部疾控局将性病防治宣传教育与干预工作与丙肝的防治工作调整到中国疾控中心性艾中心负责。为更好地落实有关各项工作，性艾中心于2012年11月成立丙肝与性病防治室。

　　科室主要工作职责包括：协助制订有关预防与控制丙肝和性病的政策和规划，并提供科学依据；开展丙肝和性病防治策略和措施方面的政策研究，并组织协调有关技术指南和规范的制定；负责全国丙肝病例报告分析、报告和数据质量管理；组织开展丙肝疫情专题调查，并结合艾滋病哨点监测工作，对丙肝疫情分布及感染危险因素进行分析；为丙肝及性病防治工作提供技术指导和支持；结合艾滋病综合防治工作平台，组织协调在大众人群中开展丙肝和性病防治知识的宣传教育以及在重点人群中开展丙肝和性病综合干预；为全国专业技术人员丙肝和性病防治培训提供技术指导，组织编写有关丙肝和性病预防与控制培训教材；组织开展丙肝和性病防治应用性研究和国际合作。